淘宝C店可以取名叫旗舰店吗? 指的是旺旺的名字

不能，旗舰店是天猫专有词汇。

旺旺名字也不能，有的人喜欢摆弄小聪明，假设淘宝系统存在bug被你用上了，淘宝发现后，如果是在相关规则之前注册的名称淘宝有很小可能性会放过，但绝大多数会以不当注册为由冻结你的账号。