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顾宪成很聪明，从小就学习孔子。1576年(万历四年)，顾宪成到应天(今江苏南京)参加科举考试，取得乡试第一名。
1580年(万历八年)，顾宪成进京参加考试，考上二甲第二名，中了进士出身。
顾宪成考中进士后，当上了官邸主任。当张生病时，朝臣们聚集在一起为他祈祷。顾宪成不参加祈祷，同事帮他签名，他就拿了支笔，去掉了。1582年，张死后，顾宪成被任命为吏部尚书。
后来顾宪成请假回老家三年。回到朝廷后，被任命为验印主事。
1586年(万历十四年)，顾宪成的弟弟顾允成也考中进士。
贬谪官员于1587年(万历十五年)对外释放。明朝对京城的官员进行考核，由余士信负责考核。当工部尚书何纠正这一错误时，辛子修因不同意执政大臣的意见而被判有罪。在事件中坚持陈、焦的意志弹劾何和辛自强，实际上是对辛自强的打击和对何的庇护。于是两人都被罢官，归罪于举报何的四位御史。
顾宪成为他们抱不平。有些话冒犯了当权者，所以他被明神宗的圣旨训斥，并被降级为桂阳郡法官。后来，他被提升为该州的官员。
顾宪成在母亲去世后辞职，丧事过后升任泉州。
1593年(万历二十一年)被提拔回京时，顾宪成因公正廉洁被提拔为第一，被提拔为掌管吏部考试的官员。
1593年(万历二十一年)正月，下诏长子和另外两个儿子朱、朱昌浩同时封王，没有指定皇位继承人，让朱还有机会被立为太子。包括顾宪成、顾允成兄弟在内的众多朝臣上奏奏章，阻止这一圣旨的颁布。迫于公众的讨论，宗申撤回了三个国王，并在同年2月封他们。
1593年(万历二十一年)官检期间，孙尚书和吏部尚书赵南星罢黜了所有与朝野有私交的人，实际上就是关于顾宪成的。赵南星被免职时，顾宪成上奏请求一并免职，但没有得到答复。不久被提升为吏部文选部郎中，主管官班的升调。
削职回国的顾宪成敢于发声。他和一些清官经常批评朝廷的错误决策，在士大夫中享有很高的声誉。
由于极力想让皇帝的长子朱常洛成为太子，顾宪成引起了宗申的反感。1594年(万历二十二年)，会稽王希爵晚年退休，明神宗命吏部根据其期望，选拔六七名胜任会稽的官员。顾宪成和吏部尚书陈友年拟了一份七人名单上报，请神裁。出乎意料的是，顾宪成等人提名的所有人都遭到了教派的憎恶，尤其是顾宪成提名的前大学生王家屏，他甚至违背了教派的意志，从而更加激怒了教派。顾宪成被剥夺官职，免职，遣送回国。
顾宪成被革职后，朝廷内外向他推荐了一百多封书信，但没有一封得到宗申的批准。
顾宪成回到家乡讲学议政，决定搞讲学，宣传自己的政治主张。就在无锡，有一座东林书院，宋代学者师洋曾谈到过，他和他的弟弟顾允成发起了维修。书院的维护得到了常州知府、无锡知府等多位地方人士的资助和支持，于1604(万历三十二年)恢复书院。同年10月，顾宪成与顾允成、、安希范、刘、钱一本、薛福蛟、叶懋才(被称为八君子)一起，倡议召开林东会议，并制定了《林东公约》，规定会议每年召开一至两次，每月召开一次。
东林书院不仅讲学论政，还吸引了很多有志之士，包括一些因批评国家大事而被斥责的官员。不管路途远近，他们一个接一个来，人数之多，林东学院的学习用房都容纳不下。
顾宪成曾说:“为官于朝廷，志不在帝，为官于边疆，为官于民生，居林于水边，为官于天下。君子不做此事。”除了讲学，他还经常谈论国家大事，评论人物。朝廷的人都佩服他的风度，远远的附和他。结果，林东出名了，很多人都嫉妒他。所以他们被对手称为“林东党”。
1608年(万历三十六年)，很多东晋官员推荐重用顾宪成。顾宪成被正式任命为南京光禄寺邵青，但顾宪成拒绝接受任命，继续留在家乡讲学议政。
被诬告1611年(万历39年)后，党人淮南巡抚李三才被弹劾，顾宪成致函叶、孙丕扬，为李三才恢复名誉。吴良刻在报纸上，攻击李三才的人看到后议论纷纷。
于是徐兆奎对顾宪成进行攻击，大肆诽谤。据说湖熟有一条小河，林东党占用它的税收作为书院的开支。税使来查，林东用纸请，税使不请，当然给他丰厚的赏赐；讲学所到之处，仆从如云，县令令图书馆供应，没有二百金是不行的；聚会的时候，一定要聊时事。如果县里偶尔不同意他们，我们必须让县里纠正。收受贿赂。
徐兆奎的话没有一句得到证实。光禄成上周为顾宪成辩护说:“顾宪成发函救李三才，有点出格。我曾经责怪过他，顾宪成后悔了。现在顾宪成被诬告，天下讲学必遭惩罚，对孔孟保持沉默不是小事，国家大义从此枯竭！”奏疏后，明神宗没有回答。此后，攻击顾宪成的人就没有停止过。
顾宪成于1612年(万历四十年)在家乡去世。他留下了《小心斋笔记》、《高静藏稿》、《顾端文公遗书》等书籍。
天启初期，明熙宗献顾宪成太常庆。因为林东党公开批判国家大事，触动了熙宗专制宦官魏忠贤，魏忠贤开馆编撰三朝经典，打击了林东党。同时，他整理了《林东点将录》等文献，上报朝廷。1625年(天启五年)，明太祖熙宗下诏，烧毁国子监院，削去顾宪成的爵位。
1629年(崇祯二年)，崇祯皇帝下令恢复林东党员名誉，下令恢复东林书院。顾宪成获得* * *，并赠送右吏部侍郎，谥号段文。
主要成就是顾宪成创办东林书院，通过讲学、论道、讨论、著书、出书，在道德修养、认识论等方面猛烈抨击和批判王守仁“心学”和王雪末流所倡导的各种虚、空、玄学的思想和说教，从而推动了实学的热潮。
人物评价《明史》:体质独特，年轻时有志于圣学。本文还着重研究了居者有其屋，益于秦之精气，力求发展的“无体善而厌”的学说。
樊树之:顾宪成死于谗言之中。
《中国明史》，剑桥:东林运动的主要创始人顾宪成(1550-1612)作为吏部高官，成功地阻止了任命一位翰林领导自己的部门，理由是大学士都已经是翰林成员，这样一个排外的内院集团控制外院的一些主要职位是有害的。
家庭成员兄弟:顾兴成
哥哥:顾允成。
第七代侄孙:高古
顾宪成纪念馆位于无锡张静镇元吉巷，是顾宪成和顾允成的出生地。纪念馆内的端堂宽五间，梁上饰有飞仙雕刻。前面是两厢，两厢前面是一对青石狮子。大殿后面曾是花园，四周回廊、亭台、水阁、假山，十分幽静。清朝嘉庆年间，顾家后裔夺得状元，于是在园后建了状元堂。
顾宪成墓位于无锡市锡山区查桥关静村西南。墓前有一对方形的观察柱，后面是四柱三室的青石碑广场。甬道两旁，石羊、石虎、石马、文人、武士整齐排列。现在只有一对石虎，造型简单。1985修建陵园、陵墓，重修墓碑，正面镌刻“明代顾公贤墓”，碑上线条雕云鹤，陵园四周遍植柏树。
祠堂无锡惠山听松坊还有顾端文公祠，始建于1613年(明万历四十一年)，由顾允成共有。顾宪成的著名对联原来就挂在庙里:“风雨声听得见；家事，国事，天下万物，都关心。”