基因、蛋白质等的命名。
基因部分是针对植物的，很多个性化的名字之前没有加，以后会加。微生物学介绍了细菌、真菌和病毒在物种水平和种群水平上的命名。
基因名称，不管是全称还是简称，都需要用斜体。
基因名称通常反映基因的功能或特征。
文章第一个基因要写完整，然后可以缩写。
一个完整的基因名称包括前缀、主语和后缀。前缀主要是物种名称，后缀反映基因超家族、家族、亚家族、基因顺序等信息，如拟南芥扩展蛋白a 1；前缀和基因名称可以缩写，例如AtEXPA1 [1，2]。这个完整的基因名称表明该基因起源于拟南芥，是第一个(a)基因家族中第一个具有扩展蛋白结构的基因。(稍后解释基因家族)
缩写基因名称的主体是三个字母，即反映基因功能或特征的首字母缩写词。野生型的三个字母大写，突变型的三个字母小写。
基因名的后缀，其实在不同的基因家族中有不同的含义，因为不同的基因家族大小不同，可以分为不同的层次。一个大的基因家族可以分为几个层次:基因超家族、基因家族、亚家族、基因(图1)。基因超家族包括几个序列结构相似但功能不同的基因家族。功能差异是氨基酸序列差异的结果。与碱基序列相比，氨基酸变异更敏感，只改变一个碱基就可以引起氨基酸置换，所以存在序列差异不是很大，氨基酸差异显著的情况。基因家族通常包括多个序列结构和功能相似的基因。如果基因家族包含许多基因，它可以被分成几个亚组。亚群通常存在于不同物种之间，即由物种分化形成。与原亚科相比，它们具有相似的结构和不同的功能。
虽然不同基因家族的后缀类型多种多样，但还是有* * *特点可以总结。
(1)不同等级可以依次使用大写罗马字母(A，B，C，…)，阿拉伯数字(1，2，3，…)，小写罗马字母(A，B，C，…)，阿拉伯数字(1，2，3，…)。由于层次不确定，一个基因的名字中只能出现一个数字，数字可以有选择地使用，如AtEXPA1，表示EXP系列第一个基因家族中的第一个基因在[1]。
(2)等位突变基因用带连字符和数字的基因名表示。例如，expA1-1代表expA1的等位突变基因。
(3)野生型基因和突变型基因的蛋白质产物的名称与其各自的基因名称相同，只是要用规范形式书写，如EXPA或expA1-1。
(4)物种名称的首字母放在前面，以表示不同的物种；如果两个物种的属名首字母相同，必须在属名首字母后加一个区别字母。
个性。
(1)一些有特殊用途的保留字。基因名末尾的p代表假基因(如ACTBP2 =肌动蛋白β假基因2，代表ACT系列中第二个基因家族的第二个假基因)，BP代表结合蛋白，L代表相似性，R代表受体或调节子，N或NH代表抑制剂[4]。
(2)……
其他人。
(1)DNA片段的命名。它由四部分组成。第一部分用d代表DNA；在第二部分中，0，1，2，...，22，X，Y，XY用于表示DNA片段的染色体位置，其中0表示染色体位置未知，XY表示该片段在X和Y染色体上都有该片段；第三部分显示了探针检测到的DNA片段的复杂性，其中S代表一个独特的DNA片段，Z代表一个在染色体上单个位置重复的DNA片段，F代表一个在多条染色体上具有同源序列但尚未定义其家族的DNA片段。第四部分加了一个数字[4]来区分不同的DNA片段。例如，微卫星DNA标签DXS990代表x染色体上编号为990的独特DNA片段。
蛋白质名称与相应的基因名称相同，但以正字法书写。
引物的命名没有统一的标准，所有的名称都是缩写或通用名(如T7、pAc5-5等。).全名通常可以反映引物的退火点，包括结合对象、结合片段名称、结合位点的碱基位置等信息。例如ITS1引物的全称是nu-SSU-1787-5’，“nu-SSU”表示该引物退火到核rDNA的小亚基上。“1787”代表引物5’端的碱基位置参照酿酒酵母Meyen ex Hansen的标准序列，“5”’表示引物退火到编码链，“3”’表示引物退火到非编码链？[5] 。
载体是基因工程重组DNA技术中，将DNA片段(目的基因)转移到受体细胞中的一种自我复制的DNA分子。常见的载体包括细菌质粒、噬菌体和动植物病毒。
对向量的命名没有统一的规定，都是研究者自己制定的。名称通常可以反映载体的类型、实验编号、特征等信息。通常载体名称的首字母都是小写的“P”(穿梭载体等少数例外)，如质粒载体pBR322，其中“P”代表vector，“BR”是两位研究者Bolivar和Rogigerus姓氏的前缀，“322”是实验号；PUC8质粒载体，“UC”表示该载体由美国加州大学(1987)学者首次构建，“8”为实验编号；pYAC载体中的“YAC”是酵母人工染色体的英文首字母。载体名称的含义可以参考载体构建时发表的原始文献。
限制性酶切位点的名称有统一的规定，即首先在限制性酶切位点发现的物种名称的首字母* * * *+* * *特定上皮的前两个字母* * * *+* * * *(实验菌株)* * * * * * *。如果名称中有实验菌株编号，则在每个菌株中从1开始编号；如果名称中没有实验菌株编号，则从该物种中发现的第一个限制性位点开始编号。另外，属的首字母+特定修饰语的前两个字母需要斜体，其余正常。
例如Eco RⅰI表示该位点在大肠杆菌中发现，实验菌株R . Hin dⅲ的1限制性位点，说明该位点在流感嗜血杆菌中发现，实验菌株D. Bgl的第三限制性位点，说明该位点在球形芽孢杆菌中发现，第二限制性位点。
目前国际上常用的酶系统分类是由国际生物化学与分子生物学联合会(IUBMB)命名委员会在1961中提出的。最初根据酶催化化学反应的性质分为六类，分别用数字1-6表示(表65438
在每一类中，根据底物中所作用的基团或键的特征，又分为若干个亚类，用阿拉伯数字表示；每个子类根据电子的受主不同又分为几个子类，同样用阿拉伯数字表示；亚类中的酶依次用阿拉伯数字编号。由此，每种酶都可以得到一个由四个阿拉伯数字组成的唯一数字，数字前的缩写EC代表酶佣金。如甘油脱氢酶的序列号为EC 1.1.1.6，说明甘油脱氢酶属于氧化还原酶，作用于底物的CH-OH基团，以NAD+或NADP+为电子受体，在本亚类中排名第六。
在1961公布酶系统分类之前，酶的命名相当混乱，经常使用习惯名称，所以经常出现几个酶一个酶的情况。为了改变这种情况，NC-IUBMB建议给每种酶取一个系统名和一个自定义名。
系统名称需要清楚地表明酶的特征和催化反应的性质，因此系统名称由两部分组成:底物的名称和催化反应的类型，如葡萄糖异构酶。如果有两种或两种以上底物，应注明所有底物的名称，不同底物的名称用“:”隔开，如乳酸:NAD+脱氢酶。如果底物之一是水，通常可以省略水，如乙酰胆碱:水乙酰水解酶通常写成乙酰胆碱乙酰水解酶。
有些俗名是根据酶作用的底物来命名的，如淀粉酶和蛋白酶。有的还添加了酶的来源，以区分不同来源的同种酶，如胃蛋白酶和胰蛋白酶。有些是根据酶催化反应的性质来命名的，如水解酶、氧化酶、还原酶等。有些酶是根据地基结合反应的性质来命名的，如乳酸脱氢酶和葡萄糖氧化酶。大多数酶的英文后缀是“ase”，如连接酶(Ligase)和水解酶，但也有少数例外，如胃蛋白酶(胃蛋白酶)。
酶学委员会规定，以酶为主要话题的文章中，应先明确标注酶的序号、系统名和来源，然后根据个人习惯使用习惯名或系统名。
值得注意的是，酶的系统分类和命名并不能区分不同的同工酶。为了更准确地描述同工酶，有必要说明同工酶的类型。
细菌和真菌的命名遵循一般物种的命名规则，即采用拉丁二项式或三项式方法。
相同的细菌/真菌，不同来源的个体在实验室中进行无性培养，形成一个群体，称为不同菌株。
菌种(也称菌株)是指不同来源的同一微生物的纯培养物，从自然界分离的每一种微生物的纯培养物都可称为一个菌株。
菌种名称根据实验需要确定，一般可以用字母和数字表示(大部分字母表示实验室、产地或特性等信息，数字为序号)。
病毒命名分为通用名法和拉丁双名法。虽然该命名法是一个比较标准的命名法，但在使用时通常会使用通用名称，甚至有些病毒只有通用名称，如新型冠状病毒新型冠状病毒(严重急性呼吸综合征冠状病毒2)。
通用名法对同一病毒会有多个名称，如烟草花叶病毒(TMV)和烟草病毒1(烟草病毒1 =烟草花叶病毒)。对于在同一物种中发现的多种病毒，可以从数量上反映出来，如烟草病毒7。但是过去很多同种不同号的病毒其实是不同的毒株，可见通用名法一度相当混乱。
特别是，噬菌体病毒经常使用代号(字母和数字)，如噬菌体T2、T4和T6。其实噬菌体也有拉丁学名，分别用“属”和“种”来称呼“某噬菌体属”和“某噬菌体”(图2) [7]。
病毒株相当于细菌株。病毒株的命名通常基于实验需要、病毒变异和顺序。如果一个病毒在多个毒株中培养，每个宿主的毒株都要一一编号，字母和数字结合。根据病毒的变异，如新型冠状病毒，主要自然发生的毒株命名为α、β、δ(即AY.4的进化分支)、ο等。，其变体由字母和数字排序，如ο的变体菌株BA.2
关于病毒的命名，请参考知乎的回答“活力酷器”[8]:
这种病毒是如何命名的？-轰轰烈烈比较酷的回答。-智虎。
[1]肯德H，布拉德福德K，布鲁梅尔D，等.扩张蛋白超家族基因和蛋白质成员的命名[J].植物分子生物学。2004, 55(3): 311-314.
牛艳梅，沈文涛，周鹏。膨胀素超家族的进化和命名[J].广东农业科学。2007 (08): 133-135。
唐振华，胡刚。细胞色素P450基因的命名及基因表达的调控[J].昆虫知识. 1993(05):311-314。
杨全胜，杨启生。人类基因命名的规则和过程[J]。生命化学. 2000(04):179-181。
[5] Andrea G，Paula T D .一种真菌PCR引物的命名法，以含内含子的SSU rDNA为例[J].真菌学。1996, 88(5).
袁琴生。酶与酶工程[M]。第二版。上海:华东理工大学出版社，2012。
冯叶，刘军，孙阳，等.噬菌体的最新分类和命名[J].中国兽医杂志. 2013，33(12):1954-1958。
[8]病毒是如何命名的？-活力酷客的回答。-智虎。